Liidu juhatus on 3-5-liikmeline. Vanematekogu valib neljaks aastaks Liidu presidendi ettepanekul juhatuse liikmed, sealhulgas peasekretäri. Liidu peasekretär peab olema vaimuliku ordinatsiooniga.
Liidu juhatus:
- korraldab Liidu tööd konverentside ja vanematekogu koosolekute vahelisel ajal;
- määrab kindlaks Liidu kantselei ja tööorganite põhilised töösuunad, lähtudes põhikirja §st 9;
- kinnitab Liidu palgaliste töötajate (välja arvatud president, peasekretär ja juhatuse liikmed) koosseisu ja nende palgamäärad;
- korraldab Liidu finants-majanduslikku tegevust;
- esitab Liidu konverentsile Liidu eelarve, majandusaasta aruande ja konverentsi otsuste projektid;
- määrab koguduste ja Liidu aruandluse vormid ja nende esitamise tähtajad;
- annab ametikandjatele vastavad tunnistused;
- kinnitab Liidu häälekandjate tegevtoimetajad.